二代健保實施後，保險費的計收分為「一般保險費」及「補充保險費」二種。為了減少對民眾之影響，一般保險費維持了現行保險費計算及收取方式，將來民眾仍然依照現行制度繳納，並不會有任何的不同。
若民眾有高額獎金、執行業務收入、股利所得、利息所得、租金收入及兼職所得等計收補充保險費，及雇主就其每月所支付薪資總額與其受僱者每月投保金額總額間之差額，增列為計費基礎收取補充保險費部分，是採「就源扣繳」方式計收，說明如下：
●民眾：
由支付民眾該類所得之單位（即扣費義務人）在給付時，按補充保險費率扣取，代為向保險人繳納，不須事後結算。例如領到演講費，就由發給演講費的單位先以補充保險費率代扣補充保險費後，再給付給民眾。
●雇主：
雇主之補充保險費，依照其每月所支付薪資總額與其受僱者每月投保金額總額間之差額，按補充保險費率自行計繳，連同依現行規定應該負擔之ㄧ般保險費，按月繳納。